关于金融机构的分支机构的主体资格问题。一些金融机构的分支机构经工商行政管理机关登记领取企业法人营业执照，违反了1994年9月8日中国人民银行银发〔1994〕228号通知中关于证券交易营业部、证券业务部作为证券公司、信托投资公司的全资附属营业机构，不具有独立法人资格的规定，而应认定其不具有独立法人资格。对这些分支机构以自己的名义签订的证券回购合同，应依照银传(1995)60号文件中关于不具有法人资格的金融机构一律不得直接参与证券回购业务的规定处理。金融机构的分支机构无论是否领取企业法人营业执照和是否具有会员席位，只要是在该文件下发后，都应确认其不具有从事证券交易的主体资格。但在文件下发前，金融机构的分支机构以自己名义签订的证券回购合同，应确认其主体资格合法。在诉讼中，只要金融机构的分支机构领取营业执照，就具有诉讼的主体资格。但在实体处理上，对分支机构没有偿付能力的，应由其主管企业法人承担民事责任。
关于承包方、借用方的主体资格问题。有些金融机构将其在交易场所的席位发包或出借给其他单位或个人经营，违反了证券交易场所管理办法中有关会员席位不得转让使用的规定。无论承包方或借用方本身是否是具有会员席位的金融机构，其以发包方或出借方名义签订的证券回购合同，均应以主体资格不合法而确认为无效。
三、关于证券回购合同内容的合法性问题
证券回购合同的内容是否合法，要从实物券数额、回购期限、违约责任等方面进行审查。
1.关于实物券数额的问题。1994年2月15日中国人民银行《信贷资金管理暂行办法》(银发〔1994〕37号)、1994年7月1日《关于坚决制止国债券卖空行为的通知》(〔94〕财国债字第20号)，以及银传〔1995〕60号通知，都规定了证券交易必须有足额的实物券。各证券交易场所制定的交易规则及经营证券回购业务的金融机构均必须严格遵守上述规定。但在《暂行办法》颁发之前，根据证券交易场所关于实物券数额的规定而订立的证券回购合同，不能以其实物券数额不足100%而认定为无效。而在《暂行办法》颁发之后，对实物券数额不足100%的证券回购合同，应认定合同无效。
2.关于回购期限的问题。银传(1995)60号通知规定证券回购期限最长不得超过一年。因此，对约定的回购期限超过一年的，应认定为无效。
3.关于违约责任条款的问题。当事人在回购合同中约定的逾期罚息，有的为日万分之八，有的为日万分之十，有的甚至高达日万分之十二。会议认为，对于逾期罚息过高的，不应予以认可，应当一律比照当时中国人民银行规定的有关逾期付款违约金的计算标准处理，超过部分不予保护。
四、关于证券回购合同纠纷案件中的民事责任承担问题
对于证券回购合同纠纷案件中的民事责任承担问题，要根据有关法律、司法解释及国家政策的规定，在全面审查证券回购合同是否有效的基础上，确定当事人应承担的民事责任。
1.对证券回购合同认定为有效的，应保护回购合同约定的回购价格，并参照银行结算有关逾期付款的规定承担违约金。
2.对证券回购合同认定为无效的，应根据1996年6月25日国务院批转中国人民银行《关于进一步做好证券回购债务清偿工作请示的通知》(国发〔1996〕20号)文件精神，返还融资本金，按同业拆借利率赔偿拆借期间的利息损失，并承担逾期罚息。
3.对承包、借用经营期间发生的证券回购纠纷，只要是以发包方或出借方的名义签订的证券回购合同，发包或出借会员席位的金融机构就应承担民事责任。至于发包方、出借方与承包方、借用方之间，则属于另一法律关系，可作另案处理。
五、关于证券回购纠纷与经济犯罪交织的问题
在前一阶段的国债回购交易中，存在着许多违法甚至犯罪活动。因此，人民法院在审理证券回购纠纷案件中，要注意发现经济犯罪的问题，对于出租、出让交易席位，违规操作，严重失职，造成重大损失的;交易人员收受贿赂的;挪用、贪污回购资金的;冒用法人名义，伪造印鉴，进行诈骗犯罪的;利用国库券代保管单骗取资金的等行为，要特别注意发现其中的犯罪线索，对可能构成犯罪的，人民法院要及时移送有关机关。对证券回购纠纷事实清楚，法人应当承担民事责任的，应在移送犯罪线索后，继续审理经济纠纷。
